هیات امنا عالی ترین ركن دانشگاه می باشد كه وظایف و اختیارات آن در قانون تشكیل هیأت های امنای دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ 1367/12/9  شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی( مصوب مورخ 1369/10/18مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.
دانشگاه های دولتی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در استان یزد شامل دانشگاه یزد، دانشگاه میبد و دانشگاه اردکان در قالب یک هیات امنا اداره می شوند که دبیرخانه آن در دانشگاه یزد مستقر می باشد.

​​​​​​​شرح وظایف:

• تصویب آیین نامه داخلى.
• تنظیم‏ و تصویب بودجه تفصیلى سالیانه دانشگاه.
• تعیین نحوه نگهدارى اموال و بررسى چگونگى نظارت و تمركز حسابهاى اموال منقول و غیرمنقول دانشگاه.
• تعیین نحوه برداشت و مصرف كمكهاى دریافتى مردمى، موضوع بند د ماده 27آیین‏ نامه مالى و معاملاتى دانشگاه ها.
• تصویب سازمان ادارى و تشكیلاتى دانشگاه، براساس ضوابطى به پیشنهاد وزارت علوم، تحقیقات و فناورى و با هماهنگى سازمان امور ادارى و استخدامى كشور و مصوّبه شوراى عالى انقلاب فرهنگى.
• تصویب نحوه وصول درآمدهاى اختصاصى و نحوه مصرف آن.
• تعیین حسابرس و خزانه‏ دار براى دانشگاه.
• تلاش براى جلب همیاری هاى بخش خصوصى و عواید محلّى، اعمّ از نقدى، تجهیزاتى و ساختمانى با رعایت ضوابط مصوّب شوراى عالى انقلاب فرهنگى.
• تصویب آیین نامه‏ هاى مالى و معاملاتى كه حَسَب مورد پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قابل اجراست.
• پیشنهاد میزان فوق ‏العاده‏ هاى اعضاى كادر هیأت علمى و غیر هیأت علمى كه پس از تأیید وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری  قابلیّت اجرایى دارد.
• تعیین نحوه اداره واحدهاى تولیدى، خدماتى، كارگاهى و بهداشتى و درمانى در چارچوب ضوابط مصوّب هیأت وزیران.
• تعیین میزان پرداخت حق‏ التحقیق، حق ‏التدریس، حق‏ الترجمه، حق‏ التألیف و نظایر آن.
• بررسى گزارش مشروح دانشگاه كه از طرف ریاست دانشگاه ارائه مى‏ گردد.
• تصویب مقرّرات استخدامى اعضاى هیأت علمى دانشگاه كه به منظور هماهنگى پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناورى قابلیّت اجرایى مى‏ یابد.
• در مواردی که موضوعی نیاز به بررسی های کارشناسی دارد، هیاتی متشکل از اعضای هیات امناء و کارشناسان ذی ربط از وزارتخانه و دانشگاه کمیسیون دایمی هیات امناء را تشکیل می دهند.

​​​​​​​